Cơ quan của bạn là doanh nghiệp hay cơ quan nhà nước, tôi hỏi vậy vì cụm từ cơ quan nhiều khi được dùng chung cho tiện.
- Việc cơ quan bạn chấm công phép cho những người bị ốm chắc chắn là sai
- Sổ khám bệnh đương nhiên để lại bút tích của bác sỹ thì nó là giấy của bác sỹ

- Bạn không nói rõ là những người ốm kia đi khám bệnh ở đâu nên không thể kết luận được là sau khi khám bệnh bác sỹ thấy có bệnh mà không cho nghỉ là đúng hay sai.
- Thông thường để thực hiện chế độ ốm đau theo bảo hiểm xã hội thì trong 1 doanh nghiệp trong tổ chức của mình hay có 1 bộ phận y tế (hoặc hợp đồng với 1 cơ sở y tế nào đó) để chuyên khám chữa bệnh ban đầu cho những người lao động, đồng thời bộ phận này được giao quyền cho người lao động nghỉ tương ứng với mức độ bệnh (nghỉ 1 ngày, 2 hay nhiều ngày và ghi rõ trong sổ khám bệnh) Và tất nhiên buộc phải cho người lao động nghỉ nếu họ có bệnh. Nếu người lao động mà muốn khám bệnh tuyến trên thì phải xin phép bộ phận y tế này, và tất nhiên nếu bệnh nặng ngoài khả năng của y tế doanh nghiệp thì đương nhiên sẽ chuyển đi tuyến trên; khi đi khám và điều trị tuyến trên về người này phải trình giấy ra viện (của bệnh viện tuyến trên) và nộp vào bộ phận y tế doanh nghiệp để bộ phận này chấm công ốm gửi bộ phận chấm công trả lương (thường là phòng kế toán tài chính) đồng thời hoàn thiện hồ sơ hưởng chế độ ốm đau mà bên bảo hiểm họ yêu cầu (cụ thể là y tế doanh nghiệp phải viết phiếu yếu cầu hưởng bảo hiểm xã hội....)

Như vậy trong trường hợp bạn nêu là sổ khám bệnh bác sỹ không cho nghỉ mặc dù có bệnh chứng tỏ người bệnh này đi khám bệnh tự do ngoài xã hội mà không khám đúng nơi quy định của cơ quan bạn; hoặc cơ quan bạn chưa tổ chức chặt chẽ chế độ ốm đau theo bảo hiểm xã hội.... nên bộ phận chấm công bí quá không muốn chấm công vô lý do nên đành chấm công phép.

Vài ý bạn tham khảo!