Trong thời gian vừa qua, bên cạnh những mặt tiện lợi, việc thực hành thủ tục hải quan điện tử vẫn còn gặp không ít khó khăn. Những mặt còn tồn tại này của việc thực hành giao tế dịch vụ khai thuế qua mạng này bắt nguồn từ hai phía, khách quan và chủ quan.

pháp luật lỏng lẻo, thiếu chặt chẽ

Bên cạnh đó, hệ thống luật pháp thương chính quy định về vấn đề này còn chưa hoàn thiện, thiếu đồng bộ hoặc còn chồng chếo. Sự phối hợp giữa các đơn vị, giữa các địa phương với thương chính, giữa ngành hải quan với các đơn vị khác trong và ngoài ngành Tài chính chưa thật tốt. Điều này ít nhiều gây khó khăn cho việc khai triển thủ tục dang ky chu ky so trong thời kì qua.

Chưa bắt kịp phương cách mới

Việc áp dụng và thực hành thực hiện thủ tục thương chính điện tử là một nội dung mới và khó. Trong khi đó, đại bộ phận cán bộ thương chính hiện giờ đang quen với phương pháp quản lý thủ công, ngại đổi thay. thành ra, một bộ phận nhỏ cán bộ công chức thương chính có những miêu tả tiệu cực, vị lợi và chưa có kiên tâm trong thực hiện thủ tục thương chính điện tử.

Không đủ cơ sở vật chất

Cơ sở hạ tầng, công cụ làm việc chưa được trang bị đầy đủ và hợp với đề nghị canh tân hiện đại hóa. Hệ thống thông báo ngày nay chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý công việc theo phương pháp đương đại. Hệ thống mạng, tốc độ đường truyền, phần mềm hệ thống khai triển thủ tục thương chính điện tử…chưa đáp ứng được yêu cầu, ảnh hưởng đến việc triển khai mở mang đối với các loại hình và đối tượng doanh nghiệp.

Nhận thức chưa toàn diện

Ý thức tuân thủ pháp luật can hệ đến hoạt động xuất nhập cảng hàng hóa còn thấp, một bộ phận các doanh nghiệp chưa nghiên cứu sâu, đầu đủ và hệ thống các quy địn mới của pháp luật hải quan, một số doanh nghiệp lợi dụng sự thông thoáng và tạo điều kiện thuận tiện cho hoạt động xuất nhập cảng để buôn lậu, ăn gian thương mại, gây nhiều khó khăn cho công tác canh tân, hiện đại hóa thương chính.

áp dụng chưa triệt để

Bên cạnh đó, việc xuất hiện một số điểm chưa đồng bộ giữa hai hình thức làm thủ tục hải quan khiến doanh nghiệp có thể lợi dụng khi ứng dụng song song cả thủ tục thương chính điện tử và thủ tục hải quan truyền thống. Do đó, doanh nghiệp chưa thật sự thấy bức xúc khi không tham dự thủ tục thương chính điện tử.