Để bạn đoc có thể khả dĩ đi đến kết luận đối với đề tài này, tôi xin đóng góp phần của mình như sau:
Trước hết ta cần xem xét lại MỐI QUAN HỆ GIỮA LUẬT TỐ TỤNG VÀ CÁC NGÀNH LUẬT NỘI DUNG:
- Luật tố tụng nhằm mục đích bảo vệ các quyền được luật nội dung quy định.
- Luật tố tụng quy định cách thức, trình tự, thủ tục để công dân, pháp nhân tiến hành bảo vệ các quyền đó khi bị vi phạm hoặc có tranh chấp.
Do đó khi có cách giải thích khác nhau về Điều 159 BLTTDS, Điều 160 BLTTDS và hướng dẫn áp dụng tại NQ 01/2005/NQ-HĐTP; NQ 02/2006/NQ-HĐTP. thì cần phải chọn cách giải thích phù hợp với mục đích của BLTTDS, nếu không thì rõ ràng chúng ta đang thực hiện một việc làm không có mục đích hoặc có mục đích khác với mục đích của BLTTDS.
Trở lại với đề tài này: Điều 247 BLDS về XÁC LẬP QUYỀN SỞ HỮU THEO THỜI HIỆU, là 1 quy định về thời hiệu miễn trừ nghĩa vụ dân sự cho người chiếm hữu ngay tình (ông C) đối với chủ sở hữu, cùng một lúc với việc chấm dứt quyền lợi và quyền khởi kiện của chủ sở hữu nhà đích thực (ông A). Do đó ta có thể kết luận:
* Thời hiệu khởi kiện đòi lại nhà của người chủ sở hữu đích thực đối với người chiếm hữu không có căn cứ pháp luật nhưng ngay tình là 30 năm.

Áp dụng khoản 3, Điều 159 BLTTDS và mục 7.1, Phần I Nghị quyết 02/2006 - mục 2.2b, Phần IV Nghị quyết 01/2005 : Để xác định thời hiệu khởi kiện của ông A đã hết hay chưa, thì Tòa án phải căn cứ vào quy định của pháp luật về thời hiệu khởi kiện đối với quan hệ pháp luật cụ thể của ông A với ông C, đó là quan hệ pháp luật "đòi lại nhà của chủ sở hữu đích thực đối với người chiếm hữu không có căn cứ pháp luật nhưng ngay tình" có thời hiệu khởi kiện là 30 năm.
Trở lại cách xác định của thẩm phán về thời hiệu khởi kiện của ông A: Khi Thẩm phán áp dụng mục a, khoản 2, Điều 159 để trả lại đơn khởi kiện của ông A với lý do "hết thời hiệu khởi kiện 2 năm...", thẩm phán đã căn cứ vào "quy định của pháp luật về thời hiệu khởi kiện đối với quan hệ pháp luật cụ thể" nào? - Do thẩm phán khi xác định thời hiệu khởi kiện đã không căn cứ vào quan hệ pháp luật cụ thể của luật nội dung (tại mục 7.1, Phần I NQ 02/2006/NQ-HĐTP) nên cách xác định thời hiệu khởi kiện của thẩm phán là không đúng với Điều 159 BLTTDS và đi ngược với mục đích của BLTTDS là bảo vệ các quyền được BLDS quy định.
Tóm lại trong tình huống này có thể kết luận: Cách xác định thời hiệu khởi kiện của ông A là đúng pháp luật, còn cách xác định thời hiệu khởi kiện của thẩm phán là sai pháp luật.
Trân trọng