Đúng như bạn nói, mình thấy trường hợp này khá phức tạp nên họ chờ ý kiến của Bộ là đúng thôi.
Bởi vì, tuy điểm k Nghị định 158/2005 Về đăng ký và quản lý hộ tịch có quy định:
k) Quyết định việc thu hồi, huỷ bỏ những giấy tờ hộ tịch do Uỷ ban nhân dân cấp xã cấp trái với quy định tại Nghị định này (trừ việc đăng ký kết hôn vi phạm về điều kiện kết hôn theo quy định của pháp luật về hôn nhân và gia đình)

Ta có thể thấy, nếu chỉ vì thiếu tờ khai đăng ký kết hôn mà thu hồi, hủy bỏ Giấy chứng nhận đăng ký kết hôn thì cũng hơi vô lý. Bởi, nếu tại Ủy ban xã nơi đăng ký kết hôn có lưu hồ sơ gốc trong sổ quản lý hộ tịch và hai bên hoàn toàn tự nguyện và đủ điều kiện kết hôn, hơn nữa đã có quá trình chung sống lâu dài, đã tạo lập tài sản chung, có con chung mà chỉ vì thiếu tờ khai mà Ủy ban huyện ra quyết định thu hồi, hủy bỏ thì hậu quả sẽ rất lớn.
Mình tham khảo Nghị định 76/2006 về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tư pháp thấy Điều 13 quy định:
Điều 13. Hành vi vi phạm quy định về đăng ký kết hôn
1. Phạt tiền từ 100.000 đồng đến 300.000 đồng đối với một trong các hành vi tự ý sửa chữa hoặc tẩy xoá làm sai lệch nội dung giấy tờ để làm thủ tục đăng ký kết hôn.
2. Phạt tiền từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng đối với một trong những hành vi sau:
a) Sử dụng giấy tờ của người khác để làm thủ tục đăng ký kết hôn;
b) Sử dụng giấy tờ giả mạo để làm thủ tục đăng ký kết hôn;
c) Các hành vi gian dối khác khi đăng ký kết hôn.
3. Hình thức xử phạt bổ sung:
a) Tịch thu giấy tờ đã bị sửa chữa hoặc tẩy xoá làm sai lệch nội dung đối với hành vi quy định tại khoản 1 Điều này;
b) Tịch thu giấy tờ giả mạo được sử dụng để thực hiện hành vi quy định tại điểm b khoản 2 Điều này.
4. Biện pháp khắc phục hậu quả:
Đề nghị Toà án nhân dân có thẩm quyền huỷ bỏ Giấy chứng nhận kết hôn đã cấp.