Chào anh,
Căn cứ Thông tư liên tịch số 11/2008/TTLT-BTP-BNG ngày 31/12/2008 của Bộ Tư pháp và Bộ Ngoại giao hướng dẫn thực hiện quy định của Nghị định số 158/2005/NĐ-CP ngày 27/12/2005 của Chính phủ về đăng ký và quản lý hộ tịch tại các cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự của Việt Nam ở nước ngoài , tôi xin trình bày như sau :

1.Cơ quan đăng ký khai sinh.
Anh đến cơ quan đại diện ngoại giao của Việt Nam tại Nhật : Đại sứ quán hoặc tổng lãnh sự nơi anh cư trú để làm thủ tục.

2.Không ghi tên mẹ.
Thế thì khi cơ quan nhà nước hỏi anh là cha ruột mà không biết mẹ cháu hay sao ? Tình mẫu tử thì ở bất cứ nơi nào pháp luật cũng không chia cắt.Nếu như có thì theo anh sẽ phải làm gì nếu sau này mẹ cháu làm thủ tục nhận con - điều pháp luật cho phép; điều này không thể ngăn cản việc điền tên cha mẹ vào Giấy khai sinh.

3.Về thỏa thuận.
Anh nên làm bằng văn bản, có chữ ký 2 bên được cơ quan ngoại giao xác nhận là được.

Thủ tục anh tham khảo ở đây :