1) Công ty chỉ trả lương cho bạn tương ứng với ngày làm là sai.
Căn cứ vào Điều 74 Bộ luật Lao động; căn cứ vào Điều 9 Nghị định 195/1994/NĐ-CP ngày 31/12/1994 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của BLLĐ về thời giờ làm việc, thời giờ nghỉ ngơi: thì thời gian nghỉ do ốm đau nhưng cộng dồn không quá 3 tháng được coi là thời gian làm việc của người lao động tại một doanh nghiệp và được hưởng nguyên lương.
Bạn đã tham gia bảo hiểm xã hội nên bạn còn được hưởng chế độ ốm đau theo luật bảo hiểm xã hội (tiền bảo hiểm, thời gian dưỡng sức, phục hồi sức khỏe sau ốm đau)

2) Bạn đã tham gia đóng bảo hiểm đầy đủ thì
Theo Điều 18 Luật bảo hiểm xã hội: trách nhiệm của người sử dụng lao động
b,Bảo quản sổ bảo hiểm xã hội của người lao động trong thời gian người lao động làm việc
d, Lập hồ sơ để người lao động được cấp sổ, đóng và hưởng bảo hiểm xã hội
đ) Trả trợ cấp bảo hiểm xã hội cho người lao động.
Như vậy thì công ty phải có trách nhiệm thanh toán cho bạn.

Để đảm bảo quyền lợi cho mình, bạn có thể nhờ công đoàn nơi bạn làm việc hoặc khiếu nại tới ban lãnh đạo công ty hoặc khởi kiện ra tòa án.